去年は抽選用紙の同じ面に、当たり＝「選択確定」、はずれ＝「NPB印鑑」が押してあったため、中村GMと王監督が勘違いをして指名選手に迷惑をかけた
今年は、はずれの「NPB印鑑」が裏面に押される
■注目される選手
駒大苫小牧高 田中将大 投手
愛工大名電高 堂上直倫 内野手
PL学園 前田健太 投手
鷲宮（埼玉） 増渕竜義 投手
八重山商工（沖縄） 大嶺祐太 投手
早稲田実業 斎藤佑樹はプロ野球志望届けを出していないので指名されない
(ここまで 2006年9月10日記）
【結果】
田中将大投手（北海道・駒大苫小牧）
指名：日本ハム、楽天、オリックス、横浜
交渉権獲得：楽天
堂上直倫遊撃手（愛知・愛工大名電）
指名：中日、阪神、巨人
交渉権獲得：中日
大嶺祐太（八重山商工）
指名：ロッテ、ソフトバンク
交渉権獲得：ロッテ
増渕竜義（埼玉・鷲宮）
指名：ヤクルト、西武
交渉権獲得：ヤクルト
前田健太（大阪・PL学園）
交渉権獲得：広島 1巡目で抽選に外れた球団はウエーバー順の下位から指名する。
ウェーバー順は1週間前の暫定順位などを基準とする
2巡目は希望入団枠使用を申請しなかったロッテだけが指名する。楽天は希望枠を使用しなかったが、この時点では申請していたため、2巡目指名権なし